在准噶尔部上层贵族的叛乱被平定下去之后，从乾隆二十二年到二十四年，乾隆又进行了平定天山南路维吾尔族宗教首领大小和卓木武装叛乱的军事活动。

　　维吾尔族是世居我国新疆地区天山南路的一个少数民族。清初，准部贵族称雄西北，维吾尔族广大人民和其他西北各部一样处于准部贵族的统治之下。广大维吾尔族人民要向准部贵族交纳为数甚巨的各种贡赋，他们的宗教首领阿布都什特、玛罕木特及其二子波罗尼特、霍集占兄弟，还相继被噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策零等长期拘禁于伊犁。阿睦尔撒纳发动叛乱期间，为了争取维吾尔族贵族的支持，对其政策有所改变。他释放波罗尼特返回维吾尔族本部，还诱使留居伊犁的霍集占率领准噶尔本部的回教徒也参加了叛乱。清政府平定阿睦尔撒纳武装叛乱的胜利，使广大维吾尔族人民最终摆脱了准部贵族的统治和压迫，在乾隆帝派遣使者商讨和平统一南疆的问题时，包括波罗尼特在内的许多维吾尔族有识之士都表示：“安集回地各城人民，听候大皇帝谕旨” 。这反映了广大维吾尔族人民的共同愿望。然而，刚从伊犁逃归的霍集占却妄图借此实现其割据的野心，在他的唆使下，前来商议和平统一事宜的清朝使臣被杀害，南疆形势急转直下，一场新的武装叛乱又爆发了。

　　乾隆二十三年（1758年）乾隆帝派遣靖逆将军雅尔哈善等率满汉官军，由吐鲁番进攻维吾尔部北方门户库车，并在大败霍集占援军之后攻克该城。不久，又派遣战功卓著的将军兆惠率军挺进南疆，攻打叛军的主要据点叶尔羌城。乾隆二十四年春，定边右副将军富德又率军南下，清军遂分两路进攻叛军据点叶尔羌、喀尔喀什两城，在清军的强大攻势下，霍集占兄弟率领残部突围而出，西逃至巴达克山，被当地首领擒杀。大小和卓木掀起的武装叛乱最后被平定下去。

　　准噶尔部和维吾尔部叛乱的平定，使得清朝政府直接控制的领土极大地得到扩展。为了加强对这些地区的管理，乾隆二十七年，清政府于惠远城设伊犁将军，作为“总统新疆南北两路事务”的最高军政长官。在伊犁将军之下，在乌鲁木齐设都统，统辖乌鲁木齐、古城、巴里坤及吐鲁番等地驻军，在塔尔巴哈台设参赞大臣，统辖塔城的驻军，在南疆喀尔喀什、叶尔羌、英吉沙尔、和阗、乌什、阿克苏、库车、辟展等城设“办事大臣”或“领队大臣”，对当地实行军事统治。这些措施，进一步加强了中央政府对新疆地区的管理，对维护国家统一和领土完整发挥了重要的作用。

参考资料：白寿彝：《中国通史》，上海：人民出版社，1999年。